Situata ad un livello superiore rispetto allo stargate, questa stanza è il centro di controllo di tutta la base Atlantis. Vi si trovano numeriose postazioni di controllo e manutenzione, e monitor che permettono di osservare tutte le funzioni della base, comunicare con ogni punto della città, gestire le risorse energetiche e chissà quant'altro ancora da scoprire.
Qui si trova anche il D.H.D. per l'inserimento manuale degli indirizzi e i comandi dello scudo di protezione.
Questa stanza contiene un dispositivo di interfaccia olografica tridimensionale.
La storia degli Antichi e le loro carte stellari vengono proiettate semplicemente posizionandosi di fronte alla console, attivando così un programma automatico. Il soffitto della stanza è configurato per mostrare la posizione di Atlantis nella galassia Pegasus e tutti i pianeti abitati della galassia.
Detta anche sala d'imbarco, la sala dove si trova lo stargate di Atlantis è un enorme locale, progettato per accogliere un gran numero di persone in partenza o in arrivo.
Lo Stargate si trova su una piattaforma sopraelevata che permette l'accesso da diverse direzioni in caso di emergenza medica o di evacuazione improvvisa del personale. Una scala di fronte allo Stargate conduce alla sala comando e alla sala riunioni situate ad un livello superiore e dotate entrambe di balconate da cui è possibile osservare l'ingresso o l'uscita di persone dalla Stargate.
Il soffitto è mobile e permette l'accesso diretto all' hangar navette, in questo modo è possibile varcare lo Stargate a bordo di un puddlejumper.
Una sala semplice con un grande tavolo attorno al quale si tengono i briefing post missione e altre riunioni. E' situata di fronte alla sala controllo ed è dotata di una parete a pannelli che si apre su una balconata che si affaccia sulla sala stargate.
Quando i membri della squadra di Atlantide catturarono con successo un maschio Wraith, essi lo portarono ad Atlantide per interrogarlo. Rinchiusero quindi il Wraith, che Sheppard chiamò "Steve", in una delle celle di questa prigione. Le sbarre delle celle di questa prigione sono rinforzate da un campo di forza che previene qualsiasi tentativo di fugo o aggressione. Steve rimase nella prigione finchè venne mandato su un pianeta esterno per essere usato come cavia di un esperimento che potrebbe causare la sua morte.