Sheppard lotta contro il tempo per salvare la vita di Daniel Jackson e del Dottor McKay, i quali si trovano ancora nel laboratorio degli Antichi. L'operazione deve riuscire prima che Todd, che nel frattempo si è impadronito di un incrociatore da battaglia terrestre, arrivi per primo ai due uomini.
Nella città di Las Vegas, il Detective John Sheppard deve risolvere il caso di una serie di inusuali omicidi.
La nave alveare di Todd compare vicino alla città. La squadra risponde ad una chiamata di soccorso proveniente dal vascello e scopre che l'equipaggio è stato colpito da un virus che gli uomini di Atlantide hanno contribuito a creare.