Il Dottor Jackson visita la città di Atlantide per compiere una serie di ricerche su di uno scienziato degli Antichi che un tempo viveva all'interno della base. La nave Dedalo incontra un alleato Wraith al fine di realizzare un progetto speciale.

La squadra Atlantide presta soccorso ad un villaggio che si trova sotto la minaccia dei Wraith. La Dottoressa Keller viene rapita, così Ronon Dex e McKay sono costretti ad organizzare una missione di soccorso.

Teyla si presenta sotto le mentite spoglie di una regina dei Wraith quando Todd chiede aiuto alla squadra Atlantide per fare in modo di assicurarsi un'alleanza con un altro gruppo di alieni Wraith.

Sheppard e Beckett si uniscono ad una squadra che sta investigando su di un nascosto laboratorio dei Wraith, nel quale Michael ha condotto una serie di esperimenti genetici.