Intercettata una mail inviata da Rodney a sua sorella Jeanie con dei dati scientifici da analizzare riguardanti le cure mediche tramite i naniti, un gruppo di uomini irrompe nella notte nella camera dei Miller e rapisce la ragazza. Sheppard e gli altri arrivano sulla terra per aiutare nella ricerca e Kaleb fa promettere a McKay di riportarla a casa sana e salva. Nel frattempo Jeanie scopre di essere prigioniera di Henry Wallace che le chiede un favore. Rodney, dopo aver analizzato attentamente il portatile della sorella, scopre al suo interno un trojan e riesce a risalire ad un indirizzo al quale si precipita con Barrett dell'NID chiedendo a Sheppard e Ronon di raggiungerli.

L'indirizzo si rivela essere una trappola e quando i due giungono trovano Barrett ferito che informa loro del rapimento di McKay. Meredith, scusate... Rodney, è stato portato nella stessa stanza della sorella e ricevono la visita di Wallace che spiega loro la situazione e le sue motivazioni per un tale trattamento. Alla minaccia fattagli da McKay che presto sarebbero arrivati una ventina di marines l'uomo risponde, con stupore dello scienziato, che ciò non accadrà perchè ha disattivato il suo trasmettitore sottocutaneo. Infatti egli è il presidente della Devlin Medical Tecnologies, l'azienda che ha prodotto proprio tali trasmettitori, ed è venuto in parte a conoscenza del progetto Stargate.

Inaspettatamente Wallace non chiede altro che aiuto per la figlia malata terminale di Leucemia, Sharon. Li informa di aver scoperto il progetto dell S.G.C. inerente l'utilizzo di naniti per le cure mediche e che han già iniettato da una settimana dei naniti alla figlia. Preoccupato per il programma interno che potrebbe creare dei problemi se si risvegliassero, Rodney viene rassicurato sul fatto che gli scienziati di Wallace han già debuggato accuratamente i sistemi. Ma l'inizione non è andata come speravano perchè, il debug, ha causato l'inoperatività dei naniti e la cura ha causato più problemi della malattia. Intercettata la mail intergalattica si è ritenuto che i due, insieme, potessero risolvere la cosa salvando così la vita a Sharon.

Una volta al lavoro McKay teme che, finito tutto, non li avrebbe mai lasciati andare e, dopo una discussione con la sorella, la convince a tentare la fuga. Ma il senso dell'orientamento del nostro, lo sappiamo, non è esattamente molto sviluppato. Ben presto si trovano a vagare a vuoto e, suonato l'allarme, subito ricatturati. La tentata fuga lascia deluso ed alterato Wallace che, dopo una breve discussione, decide di dare una spinta motivazionale a Rodney. Inietta infatti la stessa dose di naniti a Jeanie condannandola a morte se in breve tempo non riusciranno ad aggiustare la loro programmazione.

Nel mentre Sheppard e gli altri continuano a cercare un modo per risalire a dove vengono tenuti prigionieri ed iniziano a stringere il cerchio. Rodney e Jeanie comprendono il problema del malfunzionamento dei naniti e viene così tentata la loro riattivazione. Sharon sta meglio ed il cancro è completamente sparito, Wallace festeggia così con i due scienziati dicendo loro di essere un uomo di parola e che li lascerà andare nonostante che ciò lo porterà in prigione. Ma la festa viene interrotta dalla notizia della morte di Sharon, ed in poco tempo si risveglia senza alcun ricordo e senza poter parlare. Analizzando i dati scoprono che i naniti sono incuranti della coscienza umana e si occupano solo di curare i danni del corpo, infatti la ragazza aveva un problema al cuore e l'hanno fermato temporaneamente per ripararlo causando così gravi danni al cervello.

Jeanie soffre di epilessia e lo stesso destino toccato a Sharon potrebbe giungere anche per lei. Sheppard e Ronon fanno irruzione nel laboratorio proprio in questo momento e la necessità di agire in fretta li porta tutti all'S.G.C.attraverso la Deadalus. Jeanie viene messa in coma per rallentare i naniti e per velocizzare la ricerca della soluzione viene fatto arrivare all'SGC il Wraith esperto di naniti, "Todd". Quasi giunti alla soluzione la creatura si sente male perchè ha bisogno di nutrirsi, Sheppard impedisce a Rodney di offrirsi come volontario a causa del suo senso di colpa e convince invece Wallace a sacrificarsi.

Il programma viene completato ed i naniti disattivati, Jeanie può tornare così alla sua famiglia.

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Le ricerche continue degli Athosiani scomparsi non danno esito, Teyla è disperata, al punto che chiede il permesso di contattare un veggente su un mondo di cui ha sentititi parlare, seppur con qualche scetticismo in merito la squadra di Sheppard viene inviata sul suddetto pianeta.
Ad Atlantide nel frattempo arriva il signor Woolsey che deve valutare il lavoro del colonnello Carter nei primi 3 mesi, proprio poco dopo il suo arrivo una squadra in missione avvisa Atlantide che c’è un Wraith che vuole parlare con il colonnello Sheppard di persona e fornisce le coordinate del pianeta designato per l’incontro.
Nel frattempo la squadra di Sheppard arriva sul pianeta dove viene ben accolta dagli abitanti già allo stargate, dal momento che gli abitanti già sapevano del loro arrivo, vanno dal veggente ormai anziano e malato, non c’è bisogno di presentazioni dal momento che lui sa già tutto, poi per fugare i dubbi di McKay, molto scettico sulla faccenda di prevedere il futuro gli mostra una visione in cui vengono catturati dai Wraith, la squadra torna per fare rapporto e informata del messaggio del Wraith si reca sul posto con tutte le precauzioni del caso, il Wraith che li attende è una vecchia conoscenza di John (erano entrambi prigionieri di Kolya), l’incontro si svolge proprio come nella visione di McKay, ma comunque alla fine sono loro che per sicurezza catturano il Wraith e lo portano ad Atlantide.
Qui il Wraith gli chiede aiuto, vuole che McKay lo aiuti a bloccare il codice nei replicatori Asuriani che gli ordina di attaccare i Wraith, gli Atlantidi non ne vedono il motivo dato che il codice l’hanno immesso loro, il Wraith però li informa che gli Asuriani hanno cambiato tattica ora mirano a eliminare le risorse alimentari dei Wraith, distruggendo i mondi umani in tutta la galassia, affermazione confermata con l’esplorazione di un pianeta distrutto proprio dagli Asuriani, McKay viene quasi sopraffatto dai sensi di colpa.
La dottoressa Keller nel frattempo scopre che il veggente ha un linfoma e per lui non c’è più nulla da fare, scopre inoltre che la capacità di vedere il futuro è data da un difetto genetico che aumenta l’attività in determinate aree del cervello.
Samantha va dal veggente che gli mostra la distruzione di Atlantide da parte di una nave di classe Aurora probabilmente degli Asuriani.
Nel frattempo viene scoperto che una nave alveare Wraith si sta dirigendo verso Atlantide, è quella del Wraith che hanno prigioniero e contiene i dati per cominciare a lavorare sul codice dei replicatori, Woolsey è sempre più preoccupato.
Teyla chiede al veggente quale sia stata la sorte degli Athosiani e lui gli assicura che sono ancora vivi, e poi gli chiede perché non ha detto agli altri di essere incinta.
Samantha si mette d’accordo con il Wraith per lo sviluppo del codice, ma durante i lavori un’altra nave alveare comincia ad avvicinarsi al pianeta, non si capisce se perché avvisata della presenza di Atlantide o per controllare l’altra nave alveare, il Wraith suggerisce a Carter di occultare la città, ma in quel modo rimarrebbero senza scudi, Sam rischia e contro il parere di Woolsey occulta la città, la seconda nave alveare arriva e ingaggia battaglia con l’altra, alla fine le due navi si distruggono a vicenda.
Woolsey se ne va un po’ scosso e McKay e il Wraith ricominciano il loro lavoro.

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La dottoressa Jennifer Keller deve recarsi su New Athos insieme a Teyla per una serie di visite di controllo agli abitanti ed è parecchio agitata all’idea di lavorare fuori dall’infermeria di Atlantide.
Le due raggiungono il pianeta con lo Stargate e dopo qualche ora di cammino arrivano al campo che è stranamente deserto, Teyla cerca di capire cosa sia successo ma sembra chiaro che il campo è stato attaccato da qualcuno, anche se in giro non ci sono corpi o altri dettagli che possano confermare tale teoria, mentre sono li a controllare giunge al villaggio un gruppo si uomini armati con asce e lance, Teyla e Jennifer si nascondono, quegli uomini sono della tribù dei Bola-Kai e sono molto pericolosi, oltre a essere selvaggi e cannibali.
Non sapendo cosa fare provano a tornare allo Stargate che però è sorvegliato, come se non bastasse Jennifer si fa male alla caviglia inciampando mentre tenta di scalare una collinetta, non potendo ingaggiare battaglia con i Bola-Kai decidono di tornare indietro e raggiungere un nascondiglio dove gli Athosiani tengono le armi date loro dagli Atlantidi, ma i Bola-Kai si accorgono della loro presenza e iniziano a cacciarle per tutta la foresta, dopo aver trovato il nascondiglio delle armi vuoto Teyla decide di raggiungere un appostamento per la caccia in riva ad un fiume per passare la notte e aspettare i soccorsi da Atlantide che dovrebbero arrivare notando il loro ritardo, raggiungere l’appostamento si rivelerà più difficile del previsto perché Jennifer non è per nulla abituata ed è spaventata a morte, mentre sono per strada trovano un uomo ferito gravemente dai Bola-Kai e Jennifer obbliga Teyla a fermarsi per aiutarlo, dopo qualche ora la dottoressa finisce di ricucirlo e lo trascinano fino all’appostamento dove passano la notte, l’uomo che hanno aiutato dice di chiamarsi Nabel e di essere un Genii infiltrato tra gli Athosiani e che questi ultimi sono tutti morti a causa di una razzia dei Wraith che pare abbiano scoperto New Athos grazie ad una soffiata dei Bola-Kai, Teyla non è convintissima comunque lascia correre, il giorno dopo i Bola-Kai raggiungono l’appostamento, cadendo in alcune trappole sapientemente predisposte da Teyla, i tre fuggitivi escono e si allontanano, ma rallentati da Nabel a causa della sua ferita vengono raggiunti e Teyla e Jennifer vengono catturate, al campo i Bola-Kai le interrogano ma nessuna delle due parla, frattanto ad Atlantide Sheppard non ricevendo risposte ai contatti radio decide di organizzare una missione di recupero portandosi un jumper, McKay e Ronon.
L’arrivo del Jumper provoca la reazione dei Bola-Kai che abbandonano il campo per raggiungere il jumper appena uscito dallo Stargate lasciando poche guardie per i prigionieri, Nabel recupera un arma e libera Jennifer e Teyla, ma una volta fuori dal campo le minaccia con la pistola, vuole sapere l’indirizzo di Atlantide, Jennifer capisce che non è un Genii ma è lui quello che ha portato i Wraith su New Athos, Teyla prova a reagire ma viene fermata, allora vedendola in pericolo Jennifer incredibilmente reagisce, disarma e gambizza un incredulo Nabel, i Bola-Kai le raggiungono, ma lo stesso fa Sheppard con la squadra che le salva e le riporta ad Atlantide, anche se Nabel è riuscito a scappare, in città Jennifer insiste nel tenere Teyla in infermeria, devono parlare di uno strano risultato nelle analisi di quest’ultima...

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Ad Atlantide è notte fonda quando Rodney McKay appena sveglio si ritrova legato ad una scrivania senza ricordarsi cosa sia successo, una registrazione fatta da lui stesso lo informa che qualcosa di grave è appena successo in città e che deve trovare immediatamente Teyla altrimenti centinaia di persone moriranno, Rodney si libera e inizia a vagabondare per gli immensi corridoi della città senza alcun punto di riferimento e con solo l’obiettivo di trovare Teyla, che lui nemmeno ricorda, per guidarlo solo il volto di quest’ultima sul suo portatile.
Un Flash-Back ci riporta a 14 ore prima quando lo stesso Rodney era andato a visitare Katie Brown, la botanica della spedizione, con cui ha una mezza-specie di relazione, Katie ha un leggero mal di testa così Rodney la accompagna in infermeria dove la dottoressa Keller ha diversi pazienti affetti dallo stesso problema.
Jennifer inizia a sospettare che si tratti di una specie di epidemia (ipotesi confermata dalle analisi che rivelano la presenza di uno strano batterio dalla diffusione molto rapida), il colonnello Carter autorizza la quarantena.
Finito il Flash-back ritroviamo Rodney che vaga senza meta per i corridoi quando incontra un altrettanto confuso Radek Zelenka che armato con una spranga di metallo lo mette in guardia contro fantomatici soldati che stanno cercando chiunque si muova per i corridoi.
Un altro Flash-back ci riporta a 10 ore prima mentre McKay a causa della quarantena comincia a dare i primi segni di nervosismo e Katie pare che inizi ad avere qualche problema di memoria.
Nel frattempo anche del personale medico protetto da tute inizia a presentare i primi sintomi così la quarantena viene applicata a tutta la città e i viaggi attraverso lo stargate sospesi, Katie continua a peggiorare finche non perde la memoria del tutto, Keller conferma problemi alla memoria a diversi altri pazienti.
Tornati nel presente troviamo Rodney che incontra un gruppo di soldati che dopo averlo stordito lo portano nella sala mensa dove si trovano quasi tutti i membri della spedizione, nessuno di loro ricorda nulla, nemmeno i propri nomi, i prigionieri cercano di ricordare, ma è tutto inutile, decidono quindi di tentare la fuga, che riesce proprio mentre i soldati stanno entrando in sala mensa, Rodney e Samantha rimangono insieme ma separati dagli altri.
Diversi flash-back ci riportano indietro alle ore precedenti, Teyla e Ronon non sembrano affetti dalla malattia, che nel frattempo ha fatto la sua prima vittima, ormai tutti sono stati contagiati così il regime di quarantena rimane valido solo per lo stargate, Jennifer capisce che il motivo dell’immunità di Teyla e Ronon è che loro quella malattia l’hanno già avuta, anche se in forma diversa e meno violenta, Teyla conosce la cura: una particolare pianta e Sheppard e Ronon la vanno a cercare sul continente.
Nel presente Samantha e Rodney dopo aver incontrato Zelenka trovano Teyla imprigionata dai soldati la cui missione era trovare e salvare tutti i malati, ma ora per colpa degli stimolanti e della malattia stanno leggermente dando di matto.
Teyla e gli altri vengono trovati da Sheppard e ronon che nel frattempo sono tornati indietro con la cura, la quale viene somministrata tramite i condotti di aerazione a tutta la città salvando la situazione.

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