La SGA scopre un satellite abbandonato degli Antichi dotato di potenti armi, che fu usato come difesa contro i Wraith. La potente arma è disattivata e McKay, con l'aiuto di Peter Grodin, viene mandato in missione per ripararlo, sperando di riuscire a ripristinare l'energia e quindi l'arma, per poter distruggere l'armata Wraith che si sta rapidamente avvicinando ad Atlantis. La riparazione del
satellite risulta però più lunga e complicata di quanto si aspettassero.

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Le navi Wraith si avvicinano inesorabilmente ad Atlantis, e mentre la tensione sale per tutti, Teyla comincia a soffire di incubi tremendi, in cui i Wraith sono ormai nella città. Per aiutarla, Sheppard si rivolge alla dottoressa Heightmeyer, la psicologa della spedizione Atlantis. In principio Teyla si sente tradita, ma alla fine accetta l'aiuto propostole. La dott. Heightmeyer consiglia a Teyla di sottoporsi a delle sedute di ipnosi, durante le quali riaffiorano i ricordi di quando venne rapita assieme a suo padre. Durante il periodo di prigionia, i Wraith li sottoposero a terribili esperimenti, in seguito ai quali Teyla è diventata capace non solo di sentire la vicinanza dei Wraith …

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La Dottoressa Weir e la sua squadra approfittano di un'opportunità per inviare informazione utili alla Terra, e mettere al corrente del pericolo dei Wraith. Il Dott. Zelenka, sondando l'area con i sensori, rintraccia le navi alveare dei Wraith. Sheppard e Teyla partono per una ricognizione su un pianeta abitato dalla famiglia di Orin ,un amico del padre di Teyla, avvertendoli della minaccia immenente dei Wraith e promettendogli, malgrado il parere contrastante di Sheppard, che se fossero arrivati in tempo, li avrebbero portarli via con loro. Mentre ad Atlantis si discute sull’invio alla Terra dei dati della citta', dei rapporti tattici e dei dati sul database degli antichi, McKay, vantandosi del suo algoritmo di compressione, fa notare che c’è ancora a disposizione un secondo di trasmissione dati, facendo venire l'idea alla Dottoressa Weir di mandare anche dei videomessaggi personali. Nel frattempo Sheppard e Teyla appostati nell'orbita del pianeta, vedono arrivare una flotta di Navi Wraith pronti ad attaccare il pianeta. C’è poco tempo bisogna salvare la famiglia di Orin..

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Seguendo le indicazioni della dott.sa Weir del passato, la SGA si reca sul pianeta Dagan, alla ricerca di uno ZPM. 
Sul pianeta la squadra incontra Allina, un'archeologa che si offre di aiutarli nella ricerca nonostante lo scetticismo dei suoi colleghi. Allina spiega che i Lantiani affidarono lo ZPM alla sua gente prima di abbandonare Atlantis, incaricandoli di proteggerlo fino al loro ritorno.
Per proteggere la Potentia , i Daganiani fondarono una setta 15 monaci, i Quindosim. Allina aiuta la SGA a superare una serie di complicate prove per recuperare lo ZPM, ma non sanno che non sono certo gli unici a voler mettere le mani sulla preziosa fonte di energia.

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