In passato, la SG-1 aveva aiutato gli abitanti del pianeta Juna a ribellarsi contro il Goa'uld Heru-ur e a guadagnarsi quindi la libertà. Ora, la squadra fa ritorno su quel pianeta, perché la popolazione locale deve affrontare un vendicativo Cronus, determinato a fargli pagare la loro insolenza. 
La squadra comandata dal Colonnello O'Neill è pronta a guidarli ancora una volta, ma scopre che essi non sono così entusiasti di rispondere alla chiamata alle armi. Dopotutto, era stato promesso loro che se avessero seppellito il loro Stargate, non avrebbero più avuto problemi... invece il problema si è presentato, visto che i Goa'uld sono tornati con le loro astronavi.
Così, la SG-1, prima di vincere la battaglia contro Cronus, è costretta a vincerne un'altra: riguadagnare la fiducia della popolazione locale. Comunque, essi ricevono un inaspettato aiuto dai loro duplicati androidi, creati qualche anno prima da Harlan sul pianeta Altair.

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Il Comando SG viene infettato da un virus alieno che si scarica nei computer della base e accede a tutti i dati riguardanti il Progetto Stargate e il personale.
Viene individuato e apparentemente cancellato dalla memoria principale.
Tuttavia, all'insaputa di tutti, l'entità si è scaricata nella stanza dei MALP dove ha continuato a crescere e a costruirsi un nuovo involucro allo scopo di contenere l'immensa mole di dati che ha ottenuto.
Alla fine la SG-1 scopre l'entità.
O'Neill vorrebbe distruggerla immediatamente, ma Sam e Daniel credono che prima bisognerebbe tentare di stabilire una comunicazione con l'entità.
Sam ci prova, ma viene investita da una scarica di energia.
Viene portata in salvo mentre O'Neill spegne il macchinario, nella convizione di averlo definitivamente ucciso.
Il resto della SG-1, però, apprende presto che l'entità è tutt'altro che morta.
In fatti, adesso esiste in un nuovo contenitore capace di contenere un'infinita quantità di dati.
L'entità si è impossessata del corpo di Samantha.

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Durante la visita alla Air Force Accademy, Carter fa la conoscenza di Jennifer Hailey, un promettente giovane cadetto con un carattere ribelle.
Carter vede un grande potenziale in lei, ma Jennifer sembra determinata a compromettere il suo futuro nell'Air Force.
E' indipendente, ostinata e piena di risentimento nei confronti Carter, alla quale viene costantemente paragonata.
Nello stesso tempo è brillante e Carter se n'è accorta, dandole la possibilità di seguirla al Comando SG.
Carter infatti decide di mostrarle esattamente quello che l'aspetta se finisce l'Accademia, facendole attraversare lo Stargate.
Visitano un pianeta alieno sul quale si trova una base di ricerca dove O'Neill e Teal'c badano alla sicurezza di un gruppo di scienziati.
Ma quella che sembrava un escursione di routine prende una brutta piega quando vengono attaccati da alcune forme di vita aliene composte di pura energia.
Intrappolati e tagliati fuori dallo Stargate, i membri della SG-1 devono rischiare un'azion disperata per salvarsi prima che sia troppo tardi.

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Un membro di un'unità SG si è suicidato e altri tre, compreso Daniel, stanno per morire.
Le loro condizioni sono un mistero, la cui risposta giace in un tempio su un pianeta alieno.
O'Neill, Carter e Teal'c si recano sul luogo e scoprono una stanza in cui si trova un dispositivo che emana una strana luce.
Ben presto giungono alla conclusione che il tempio era in realtà un luogo di piacere per i Goa'uld e che la luce influisce direttamente sulle menti e sul corpo di chi la guarda, rendendoli euforici quando si trovano nelle sue vicinanze e debilitandoli fisicamente quando tentantono di allontanarsi.
Intrappolati, i membri della SG-1 devono trovare il modo di spezzare questo legame che li costringe a rimanere sul pianeta.
Fuori dal tempio, un ragazzo, apparentemente immune da quella strana dipendenza, potrebbe essere la chiave della loro salvezza.

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