La SG-1 riesce a tornare al Comando SG con la notizia che la Terra è stata salvata dalla minaccia dei Replicatori, ma viene a sapere subito che una di quelle terribili creature è sopravvissuta.
Dopo essersi schiantati nell'oceano a bordo della nave di Thor, i Replicatori sopravvissuti hanno trovato il modo di raggiungere un sottomarino russo al cui interno hanno ucciso l'intero equipaggio e hanno iniziato a replicarsi rapidamente.
O'Neill suggerisce che il sottomarino debba essere trascianto fuori dal mare e fatto esplodere, ma il Pentagono è sicuro che un simile atto possa creare delle tesioni tra il governo Americano e quello Russo.
Così O'Neill e Teal'c vengono messi a capo di un piccolo team pesantemente armato e vengono mandati a bordo del sottomarino nella speranza di eliminare i Replicatori semplicemente con le armi a loro disposizione.
Carter nel frattempo è stata portata sul pianeta di Thor che i Replicatori stanno portando sull'orlo della distruzione totale.
Thor è convinto che la mente umana di Carter possa contenere la chiave per sconfiggere i Replicatori una volta per tutte.

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