Carter ha una visione: un gruppo di persone corre freneticamente lungo uno strano corridoio, un uomo dice di sbrigarsi e Jolinar attiva lo Stargate.
Era da un po' di tempo che sperimentava le tecniche per ricordarsi delle cose rimastele in mente dopo la sua unione con Jolinar di Malkshur. Con questa visione è convinta di aver scoperto qualcosa: il modo di trovare i Tok'ra, un movimento clandestino che si oppone ai Signori del Sistema.
Così la Sg-1 attraversa lo Stargate.. e più che trovare i Tok'ra, sono loro a trovare la squadra.Carter riconosce l'uomo della sua visione, Martouf, e la squadra accetta di arrendersi e di essere portata alla base per parlare con il leader dei Tok'ra, Garshaw.
Carter parla ai Tok'ra di Jolinar, e di come abbia influito sulla sua personalità.Garshaw informa la SG-1 dei loro metodi: si rifiutano di essere chiamati Goa'uld, perchè si oppongono a tutto ciò che li rappresenta. Non prendono ospiti contro la loro volontà, ma accettano solo i volontari, vivono realmente in simbiosi: il Goa'uld e l'ospite umano hanno un reciproco vantaggio, e l'ospite umano spesso può parlare liberamente. Anche per questo il loro numero è scarso.
Garshaw poi presenta Selmak alla SG-1: egli sta per morire e la leader chiede se uno della squadra voglia diventare il nuovo ospite di Selmak. Nessuno accetta, e questo porta i Tok'ra a pensare che i Tau'ri non siano realmente interessati ad un'alleanza.
Presto arriva la SG-3, mandata da Hammond per avvertire Carter che suo padre è sempre più vicino alla morte. Ma a questo punto, i Tok'ra decidono di trattenere come "ospiti" le due squadre finchè non si muoveranno verso un altro mondo.

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Durante l'esplorazione di BP6-3Q1 la SG-1 viene attaccata da uno sciame di insetti giganti. La squadra fugge attraverso lo Stargate, ma Teal'c viene punto sulla schiena. 
Di ritorno sulla Terra ha inizio una strana trasformazione: il virus alieno comincia a modificare il DNA di Teal'c in qualcos'altro, rendendolo simile a quello dell'insetto che l'ha iniettato.
Oltre che lasciare perplessi il Capitano Carter e l'esperto genetista, Dr. Richard Harlow, la mutazione terrorizza Teal'c, che per la prima volta si trova alle prese con qualcosa che il suo simbionte Goa'uld non è in grado di curare, e prega O'Neill di ucciderlo se la situazione dovesse diventare irreversibile.
Tuttavia le condizioni di Teal'c suscitano l'interesse del Colonnello Maybourne, che vede nel veleno alieno le potenzialità per sviluppare armi biologiche. Maybourne, dotato di mandato presidenziale, si fa consegnare Teal'c, ma il Jaffa scappa durante il trasporto, lasciando sul posto il suo simbionte Goa'uld: unica cosa che rallentava il peggiorare della malattia.
Mentre Teal'c si nasconde nei vicoli abbandonati di una vicina città, fraternizzando con una piccola senza casa di nome Ally, il resto della SG-1 fa ritorno su BP6-3Q1 per catturare un esemplare vivo dell'insetto gigante. Sul pianeta si rendono conto della terribile minaccia rappresentata dalla mutazione. Gli insetti alieni, infatti, non si riproducono per via sessuata, ma inducono una mutazione in un corpo ospite, riciclando di fatto il suo materiale organico per creare nuovi esemplari ad un ritmo spaventoso.
Al Comando Stargate, quindi, oltre a dover tenere in vita la larva Goa'uld di Teal'c, si inizia a cercare un vaccino; e, cosa ancora più importante, bisogna trovare Teal'c. Prima di Maybourne.

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Daniel Jackson e Teal'c tornano ad Abydos essendo passato un anno esatto da quando Daniel fece promessa a Kasuf di tornare a casa con la figlia Sha're. Al suo arrivo, Daniel scopre che la moglie, con la quale non ha avuto più contatti da quando è stata presa dai Goa'uld, è incinta. Il padre è Apophis, che ha in mente di usare il corpo del figlio come ospite per il suo stesso simbionte.
Nel frattempo,O'Neill e Carter sono a Washington per ricevere una medaglia al valore per il coraggio mostrato nelle missioni SG, ma entrambi ricevono brutte notizie.
O'Neill viene approcciato da un giornalista, di nome Armin Selig, che si dimostra ben informato sullo Stargate, e minaccia di pubblicare l'intera storia sui giornali.
Carter si reincontra con il padre dopo molto tempo, solo per scoprire che lui sta per morire per un linfoma allo stadio terminale.
Nel contempo Jackson e Teal'c cercano un modo per riportare Sha're sulla Terra prima che partorisca, prima cioè che il demone che la posside si risvegli dal sonno in cui era caduto per preservare il bambino. Ma l'arrivo di una nave madre comandata dal mortale nemico di Apophis, Heru-ur, gli impedisce di attuare il loro piano. Ma Teal'c ha in mente un modo per sfuttare la rivalità tra i due Goa'uld per metterli in salvo, e sottrarre il bambino dalle mani di Apophis.

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Scopriamo in questo episodio che l'unione tra due Goa'uld è vietata, dato che darebbe vita ad un Harcesis, un ospite umano con tutte le conoscenze dei Goa'uld.
Apophis però contravviene a questa regola, per sfruttare l'Harcesis nato dalla sua unione con Amonet come suo futuro ospite, e diventare ancora più potente.

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Il maestro di Teal'c, Bra'tac, arriva all'improvviso dallo Stargate con una brutta notizia: Apophis è sopravvissuto alla distruzione della sua nave e ora ha catturato il figlio di Teal'c, il giovane Rya'c.
I membri della SG-1 concordano che è necessario tornare su Chulak per salvare il figlio dell'amico, ma al loro arrivo si rendono conto che molto è cambiato. Dato che Teal'c non aveva più fatto ritorno dalla Terra, sua moglie Drey'auc lo aveva creduto morto, e aveva sposato il vecchio amico di Teal'c, Fro'tak.
A peggiorare le cose, Rya'c ha subìto il lavaggio del cervello da parte di Apophis, che lo ha convinto a denunciare pubblicamente suo padre come un traditore, e a ribellarsi al tentativo di salvataggio attuato dalla SG-1.
Fro'tak si ingelosisce nel vedere Teal'c e la ex moglie riavvicinarsi di nuovo e cerca di tradire Teal'c e i suoi amici, denunciandoli ad Apophis.
Ma Teal'c vede un barlume di speranza quando Rya'c invia un messaggio nascosto durante la sua denuncia pubblica del padre. Teal'c vuole salvare il figlio e portarlo sulla Terra, e nonostante sia d'accordo,O'Neill teme che Rya'c e Apophis stiano tendendo loro una trappola mortale...

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