A più di un anno di distanza dalla prima missione del Colonnello O'Neill, lo Stargate rimane piantonato nella base delle Montagne Cheyenne, ormai inutilizzato.
Quando sembrava che ormai il Progetto Stargate fosse destinato a scomparire, un plotone di soldati alieni, con armature a forma di serpente, attraversa il dispositivo, uccidendo tutte le guardie e rapendo l'unica donna presente.
In risposta a questa invasione, il progetto Stargate viene riattivato immediatamente per ordine del Generale Hammond, che fa richiamare in servizio il Colonnello O'Neill. Per prevenire nuovi attacchi dallo Stargate, Hammond decide di inviare una bomba nucleare, costringendo così O'Neill a riconoscere di aver mentito: lo Stargate su Abydos non è mai stato distrutto, e il Dr.Jackson è vivo e vegeto sul pianeta in compagnia della moglie Sha're.
Viene così formata una squadra comandata dal Colonnello O'Neill, a cui si aggiunge - non senza perplessità da parte di O'Neill - il Capitano Samantha Carter, scienziata esperta in astrofisica grande conoscitrice dello Stargate.
Il gruppo attraversa lo Stargate e giunge su Abydos. Lì, con la guida di Daniel Jackson, Carter e O'Neill scoprono la mappa degli stargate, e si rendono conto che il gruppo che ha assalito la Terra non proveniva da Abydos, ma da uno di quei mondi.
Nel frattempo dallo Stargate giunge una squadra armata che uccide molti abydoniani e rapisce Sha're e Skaara. Quando la squadra di O'Neill fa ritorno è ormai troppo tardi, e Jackson decide di tornare sulla Terra per mettersi alla ricerca della moglie rapita. Prima di andarsene, però, ordina agli abitanti di Abydos di seppellire lo Stargate per sicurezza, e di disseppellirlo entro un anno, al termine del quale spera di poter tornare con Sha're.
Su un lontano pianeta, Skaara e Sha're vengono imprigionati in una grande sala. Insieme a Sha're ci sono molte donne, compresa l'umana rapita sulla Terra. Proprio lei viene scelta dal capo delle guardie, e viene portata di fronte a quello che è evidentemente il suo capo. La donna viene spogliata e presentata alla regina aliena, un organismo simile ad un verme ospitato nel ventre di una donna. La regina rifiuta però la donna, che viene barbaramente uccisa dal consorte.
Sulla Terra, O'Neill, Carter e Jackson si rendono conto che Ra non era l'ultimo della sua specie, e che ci devono essere altri simbionti come lui in giro per la galassia. Uno dei soldati di O'Neill sopravvissuto all'attacco su Abydos, è riuscito a memorizzare la sequenza dei simboli digitati sullo Stargate dai soldati nemici. Vengono così formate due squadre: la SG-1 comandata dal Colonnello O'Neill, e la SG-2 comandata dal Maggiore Kawalsky. 
Nel frattempo, sul pianeta alieno, viene scelto il corpo che ospiterà la regina: è Sha're, la moglie di Daniel Jackson.
SG-1 e SG-2 attraversano lo Stargate, e la squadra di O'Neill viene condotta alla città di Chulak. Lì vengono arrestati e portati in prigione, dove incontrano Skaara e realizzano che l'alieno che hanno di fronte rappresenta il dio egizio Apophis, dio serpente in perenne lotta con Ra. La squadra cerca di escogitare un modo per scappare, ma O'Neill viene fermato dal capo delle guardie di Apophis, che lascia intendere di non essere completamente fedele alla causa del suo dio.
Di lì a poco giunge proprio Apophis, seguito da altri Goa'uld, alieni simbionti vermiformi che sfruttano corpi umani per vivere e imporre il loro dominio sulla galassia. I simbionti devono scegliere i corpi nei quali dimorare, e tra le persone reclutate c'è anche Skaara, grande amico di O'Neill.
Apophis ordina ai suoi soldati Jaffa di uccidere tutti i restanti, ma il capo delle guardie - dietro incitamento di O'Neill - si ribella e aiuta i prigionieri a scappare, unendosi a loro.
Dopo un combattimento sulla via per lo Stargate, SG-1 ed SG-2 riescono a portare in salvo i sopravvissuti sulla Terra. 
Al Comando Stargate il Generale Hammond ordina di soccorrere i rifugiati, ma resta sorpreso vedendo tra loro un soldato nemico. E' Teal'c il Jaffa che ha aiutato O'Neill a scappare, voltando le spalle alla sua vita e al suo dio. O'Neill si rende conto della sua importanza e suggerisce di reclutarlo come membro della sua SG-1, per aiutarli in quella che si preannuncia essere una lunga e difficile battaglia.

Informazioni Aggiuntive

27 Luglio 1997, una data che rimarrà nella storia della fantascienza televisiva: il giorno in cui Stargate-Sg1 andò in onda per la prima volta sui teleschermi d'oltreoceano. In genere i pilot delle serie televisive, soprattutto quando si è in ambito fantascientifico, si discostano notevolmente da quelle che solo successivamente si delineeranno come le vere caratteristiche della serie: spesso le idee iniziali vengono abbandonate, spesso gli stessi personaggi subiscono radicali modifiche. Si tratta nella maggior parte dei casi, di episodi di qualità inferiore rispetto a quelli ideati in fasi di produzione avviata. Questo non accade per Children of the Gods, probabilmente l'episodio pilota più emozionante che sia mai stato creato negli ultimi decenni. In un tempo pari a quello della durata di un film si assiste ad una sequenza entusiasmante di scene d'azione, di avventura, di umorismo e di sentimento che nulla hanno da invidiare ad una ben più costosa produzione cinematografica. In effetti l'episodio non ha nulla da invidiare al film Stargate, né per quanto riguarda la parte visiva, le spese di produzione testimoniano un impegno notevole nel campo degli effetti speciali e delle scenografie, né soprattutto per quanto concerne la parte contenutistica, la storia in sè. Sono toccanti i primi momenti, quando veniamo introdotti ai personaggi e quando ritroviamo un Jack O'Neill decisamente diverso da come ce lo ricordavamo. Sono ancora più toccanti i momenti in cui si riscopre Daniel Jackson, felicemente (per poco!) sposato al di là dello Stargate. Sono emozionanti gli incontri ravvicinati con i nuovi nemici, sono terrificanti le scene in cui si vedono per la prima volta i Goa'uld che si impadroniscono di un ospite, sono commoventi le scene di separazione di Skaara e di Sha're, sono infine terribilmente coinvolgenti le promesse finali che legano i protagonisti in un'avventura che condizionerà per sempre le loro vite. Insomma un primo episodio pieno di emozioni, in grado di racchiudere in sè, quasi come se fosse un embrione, tutte le caratteristiche che renderanno Stargate-Sg1 una delle più belle ed appassionanti serie televisive di tutti i tempi.

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