Durante l'attacco al pianeta dei replicatori i Wraith riescono a rubare uno ZPM prima che il pianeta esploda. Alcune settimane dopo la battaglia McKay rileva, grazie ad un dispositivo di localizzazione, l'ubicazione della nave del Wraith che li ha aiutati nella lotta contro i replicatori.
Sheppard, Ronon, Rodney e Lorne partono per un sopralluogo anche perchè la nave sembra essere alla deriva. Giunti all'alveare, che è stato pesantemente danneggiato, non trovano nessun Wraith in vita e, nel tentativo di ripararlo, McKay scopre nel database della nave le coordinate di un avamposto segreto Wraith. Subito si organizza una missione con Teyla che, sfruttando le proprie capacità ereditarie, guida la nave fino alle coordinate trovate.
La squadra scopre che l'avamposto è in realtà un laboratorio di clonazione dove in pochi giorni i Wraith posso creare migliaia di nuovi soldati usando l'energia dello ZPM. Sheppard decide di far saltare l'impianto e, inaspettatamente, trova nuovamente l'aiuto del wraith che ha combattuto con loro contro i Replicatori.
Nel tentativo di distruggere la base la squadra viene catturata e solo grazie a Teyla, che prende il controllo della mente della regina Wraith, i nostri eroi pussono fuggire salendo sull'alveare Wraith lasciato in orbita attorno al pianeta ed impostare una rotta per farlo schiantare sull'impianto di clonazione...
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| Titolo Originale | Spoils of War |