Il colonnello Jonathan Jack O'Neill è l'ufficiale in comando della SG-1, la squadra flagship assegnata al comando Stargate. Ufficiale dell'AIR Force, O'Neill è stato richiamato dal prepensionamento per assegnargli il comando della prima missione Stargate su Abydos. E' stato scelto per lo stato di depressione per il senso di colpa dovuto alla morte accidentale di suo figlio Charlie.
O'Neill è nato a Chicago e cresciuto nel Minnesota. Si è fatto molti nemici nei suoi anni di servizio e ben pochi amici. Comunque, il suo personaggio ha una nobiltà d'animo che manca a molti di quelli che ha incontrato nel suo cammino. Oltre alla morte di Charlie si sa ben poco del passato di O'Neill. Possiede un senso dell’umorismo sarcastico ed affilato e non esita a schernire un nemico nel cuore della battaglia o quando viene catturato.
Se si contano i traumi cranici, Jack ha nove ossa rotte. Faceva il paracadutista sul confine tra Iran e Iraq negli anni 80 dove si è schiantato al suolo. Nonostante non fossero previste missioni di salvataggio, ce la fece da solo a tornare nei territori alleati in nove giorni. Jack ha passato diversi anni in unità sotto copertura dell'esercito ed è stato quattro mesi in una prigione iraquena a causa del fallimento di una missione comandata da Frank Cromwell.
Considerando questo si può dedurre che O'Neill si sia sposato prima del 1988. Infatti, conferma che lui e sua moglie Sara stavano insieme al momento della sua cattura, perché lei era il principale motivo dei suoi tentativi di fuga. Poco tempo dopo essere scappato dalla prigionia viene concepito Charlie O'Neill.
Le relazioni interpersonali sembrano essere difficili per Jack. Il Maggiore Charles Kawalsky era un suo amico, nonostante ignorasse che Jack avesse un figlio. Kawalsky asseriva di poter battere Jack a Street-Hockey. Hanno prestato servizio almeno in una missione sotto copertura nella Germania dell'Est, nel 1982. La loro missione consisteva nell'infiltrarsi e recuperare un agente Russo che veniva custodito in una villa; ma i soldati nemici li stavano aspettando e John, amico e ufficiale comandante di O'Neill rimase ucciso.
Jack passava il suo tempo libero con la moglie e il figlio. La famiglia aveva un enorme significato nella sua vita. Semplici giochi di lotte e baseball, i preferiti del figlio, riempivano quelle parti della sua esistenza che erano inaccessibili, vista la carriera militare.
Ma un fatidico giorno d'autunno, tornando da scuola con la foto di classe, Charlie scopre la pistola di suo padre e accidentalmente si spara. Jack e Sara sentono lo sparo e si precipitano all'ospedale dove purtroppo muore.
La morte di Charlie fa precipitare O'Neill nella depressione, che viene rimosso dal servizio fino al giorno in cui due ufficiali agl'ordini del Generale West arrivano a casa sua ad informarlo che è stato richiamato in servizio presso il complesso di Creek Mountain. Il progetto top-secret Stargate stava arrivando ad un punto critico. O'Neill accetta la missione che, nel caso in cui il Dottor Daniel Jackson riuscisse ad aprire questa "porta per il paradiso", dovrà attraversarlo per accertarsi della situazione e se dovesse trovare una qualsiasi minaccia per la Terra, dovrà sacrificarsi per distruggere lo Stargate con una bomba nucleare.
Lo Stargate è stato aperto nel 1996 cambiando per sempre la vita di O'Neill. Dall'altro lato del portale, c'era il supremo signore del sistema Ra, che ha popolato tramite deportazione l'intero pianeta di Abydos di umani. Con l'aiuto di Jackson e degli Abydoniani, O'Neill usa la bomba per distruggere il falso dio a bordo della sua nave madre in orbita. O'Neill ritorna sulla Terra lasciando Jackson, per sua richiesta, su Abydos. Tornato a casa dalla missione, O'Neill scopre che Sara vorrebbe che lui se ne andasse di casa. Dopo un divorzio veloce si ritrova da solo per la prima volta in più di dieci anni. Con il programma Stargate chiuso e spostato nel complesso di Cheyenne Mountain, Jack va in pensione. Smette di fumare e passa gran parte del suo tempo in solitudine, per lo più sul tetto a guardare le stelle con un telescopio. Ed è proprio su quel tetto che un anno dopo scopre che il programma Stargate è stato riaperto, e che è emersa una nuova minaccia.
Con l'inizio del comando del Generale Hammond, O'Neill accetta di lasciare il pre-pensionamento per comandare la SG-1. Insieme a Samantha Carter, il suo comandante in seconda, tornò su Abydos per recuperare il Dottor Jackson e scoprire la fonte di una nuova minaccia Goa'uld. Ma il suo buon amico Skaara, un ragazzo Abydoniano, è stato rapito dal Signore del Sistema Apophis, dando a O'Neill un motivo molto personale per dare la caccia e combattere il suo nuovo nemico.
La squadra SG-1 e i mondi che hanno esplorato hanno costretto O'Neill a riassestare il suo futuro e la sua difficoltà nei rapporti con gli altri. La sua iniziale antipatia per Jackson cambia in simpatia nel corso di pochi anni. Nonostante i frequenti disaccordi con lo scienziato, trovano anche molti punti d'incontro comprendendo che insieme sono davvero una squadra, sia in diplomazia che in battaglia.
Jack diventa buon amico e fratello di Teal'c, un guerriero proprio come lui, che convince a rivoltarsi contro i Goa'uld e unirsi alla SG-1. Anche Hammond, nonostante sia il suo ufficiale comandante, diventa un buon amico e confidente. Pur dovendo avere spesso a che fare col caratteraccio e il sarcasmo di Jack, riesce a calmare la sua tempestosa frustrazione in ogni decisione che è costretto a prendere. Oltre all'amicizia nata con Samantha Carter, O'Neill confessa di tenere a lei molto di più di quello che il loro rapporto militare gli consenta. Il regolamento li blocca dall'intraprendere una relazione amorosa.
Tra le varie esperienze vissute nel corso degli anni, ad O'Neill viene impiantato un simbionte due volte, uno Goa'uld e uno Tok'ra, di nome Kanan. Gli viene scaricato nel cervello la biblioteca degli Antichi. Rapisce una bambina aliena per permetterle di vivere l'esperienza di essere un bambino.
Muore e viene resuscitato innumerevoli volte nel sarcofago di Baal. Passa tre mesi cercando di entrare a far parte della società Edoriana, credendo di essere destinato a passare la vita con loro.
Viene incastrato per l'omicidio di un senatore degli Stati Uniti, invecchiato rapidamente da nanociti Goa'uld, posseduto da una microscopica razza aliena, intrappolato in un loop spazio-temporale e ha salvato la Terra più volte di quante riesca a ricordare. Ha anche contribuito direttamente a sconfiggere potenti Goa'uld come Ra, Apophis, Cronus, Seth, Hathor, Sokar, Nirrti, Heru-ur e Marduk, tra i vari.
Molti dei più cari amici di Jack non sono necessariamente umani. Thor, Supremo Comandante della flotta Asgard (che lui chiama "Amico mio"), è stato un amico fin dal principio. Gli Asgard riconoscono il potenziale della razza umana in Jack e scelgono di allearsi con la Terra. Thor rivela persino che gli Asgard hanno scoperto che il Colonnello è praticamente unico, il prossimo stadio dell'evoluzione umana.
Dopo più di sei anni al comando della squadra SG-1, la vita di O'Neill è sicuramente cambiata in meglio. Fortunatamente per Jack il suo buon cuore e il suo spirito coraggioso gli servono principalmente per migliorare i rapporti con i suoi compagni di squadra, alleati e il resto delle specie che incontra attraverso la galassia.
INTERPRETATO DA Kurt Russel; Richard Dean Anderson
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